在多模態飛控系統設計時，其核心問題是如何劃分和定義系統的模態。主要原則如下。
根據飛行任務要求的響應類型劃分
  飛機的響應是指飛機對各類控制指令輸入所產生的時域或頻域響應特性。飛機響應類主要有：潛響應、速率指令/姿態保持響應、姿態指令/姿態保持響應、航跡指令/航跡保持響應、垂直速率指令和高度保持指令響應等，還有橫航向響應等。不同的響應類型是為了適應不同飛行任務需要而確定的，因此響應類型可以做多模態控制劃分的原則。由于電傳操縱系統和機械系統相比的一個顯著特點是，可以根據飛行任務來剪裁飛行控制規律，這樣就可以保證飛行器在不同的飛行階段執行不同的飛行任務時，獲得最佳飛行品質。
根據飛行階段劃分
  從起飛到任務結束（返航回收或墜毀）的整個飛行過程中，可以劃分為多個飛行階段，在不同的飛行階段中，由于飛機特性、完成的飛行任務、周圍環境的通視條件以及對飛行品質要求的不同，飛控系統的控制規律也有所不同，從而可形成多模態控制規律。
根據飛控系統的功能劃分
  為了增強飛機的機動能力和增加機支方式，除了利用特殊的氣動力布局設計，采用特殊構成的控制系統也是最有效的方法。為實現某種特殊的機動方式，就應構成不同的控制系統結構，從而形成特定的控制模態。例如，為了實現大角度盤旋機動、大俯沖機動、急劇爬升反轉機動（復合機動），需要全資態陀螺或“捷聯”平臺提供不同的全姿態蓋反饋變量，需要附加飛機燃油正過載（防止飛機翻滾時供油不足）以及控制軟件，并按照特定的控制規律產生控制指令來操縱不同的舵面和油門機構，從形成特定的控制系統結構和控制模態。
根據控制系統余度管理要求劃分
  無人機飛控系統為提高其控制可靠性和安全性，往往在采用一定可靠度的傳感器、執行機構、控制軟件的基礎上采取余度配置技術，例如無人機飛行高度測量環節可采用相似余度即多個相同傳感器（如配置4個無線電高度表），也可以采用非相似余度即完全不同的傳感器（如同時配置GPS、無線電高度表、大氣計算機等）。還可以采用相似與豐相似混合配制。采用余度配置技術，需要對其進行有效管理。并根據其故障確定或切換工任務模態，如正常工作模態、降級工作模態、備份工作模態、重構工作模態等。