采用多模態控制的無人機飛行控制系統，那也得進行有效的管理才能充分發揮作用，才能提高其飛行品質、任務可靠性和安全性。多模態控制的管理主要做以下幾個方面工作。
模態進入或斷開條件的管理
  對無人機來說，某種控制模態必須滿足一定的條件才能進入或退出，至于什么條件，應根據該模態的功能對其運動的影響來確定上、同時選擇合理的條件也很重要，比如無人機在低空飛行要進入下潛模態，應先使發動機進入慢車狀態，然后方可以進入下滑模態，反之，要使無人機退出下滑模態進入爬升模態，應先使發動機進入額定或最大狀態，然后方可以進入爬升模態，防止模態轉換時飛機狀態不穩定；再如無人機要進入給定高度上大機動盤旋模態，要對側滑角和發動機油門（增大油門）進行限制，防止進入大機動盤旋模態時產生側滑和掉高。
模態邏輯管理
由于無人機冼時各個分系統是互相關聯的，而且互相同存在一定的邏輯關系，因此，在模態轉換時正確管理系統中其他偷沒偷懶的工作狀態，并按要求轉換關聯的其他設備的工作狀態。如由無人機在平飛模態轉換到爬高模態時，就要求發動機油門系統根據需要轉換的到額定或最大功率狀態。
模態進入方式的設計與管理
  無人機飛控系統的多模態控制可以在一定條件下自動進入，也可以依靠遙控指令進入，如無人機起飛后在機載GPS定位時就自動進入自主導航模態飛行，發遙控指令可以切換到人工引導飛行模態。這種進入方式的設計也是模態控制設計時需要解決的問題，進入方式的控制管理是多模態邏輯中關鍵的一種功能。
  在具體無人機飛控系統設計中，為了實現多模態控制管理，應滿足以下幾個條件；應能可靠地實現所選擇的模態；應防止可能產生非模態的無意接通；選擇到優先模態時應能切掉現在的不兼容模態；應提供在某些模態接通時，相關待命模態進入待命的措施；涉及的邏輯關系中不應隱含矛盾關系。同時，除了應設置模態控制板外，在飛控計算機中還應云門設置模套邏輯管理單元，實現統一的計算管理。