與所有無人技術一樣，AUV的自主性是一個熱門課題。目前，大多數民用和商業AUV系統需要預編程，Bluefin機器人公司制造的一系列AUV系統也是如此。公司為包括麻省理工學院（MIT）在內的各種研究團體及一些商業測量公司提供AUV。上世紀90年代后期，Bluefin機器人公司從MIT AUV實驗室脫離出來，并開始為美國國內的科研和防務市場生產了一些AUV系統，其最初的產品已發展成Bluefin-21。
如今，Bluefin機器人公司的所有AUV系統包含：1個裝主電子裝置的小型耐壓容器；1個完全由萬身支架支撐的推進器；通信器件，包括天線、應急罵人和一些核心傳感器；裝耐壓電池組的能源部分使操作者可在甲板上迅速更換電池組，以便有更多時間在水下收集數據；任務載荷部分。
任務載荷部分包括：一些有確定系統應用和任務的部件，典型部件包括測掃描聲納、合成孔徑聲納、多波束回聲探測聲納、攝像機，以及在海上超回收器件作用的頭錐，還榀以安裝防撞用的前視聲納。
Bluefin機器人公司正在不斷增加其AUV的自主能力，但目前其所有AUV都需要預編程。操作員可通過該公司的計劃軟件設計任務，然后將任務加載到AUV上并進行功能測試后潛入水中，開始執行任務指令。
在執行任務期間，AUV將自身工作狀態以聲音信號方式傳送到甲板上的計算機，以供操作員跟蹤系統及監控其健康狀態所用。一量完成了任務，AUV便被回收到甲板上，更換電池組，取下數據裝置并下載數據，然后準備進行再次部署。
不同的任務和測量需要不同的操作概念。例如，對沉船的廣域搜索需要AUV在特定水下嘗試搜索海底大面積的平直部分，如果發現沉船，AUV就會下潛到要求的深度，攝取更小、更具體的失事區域的照片。
若要采集北極不同區域的實際水樣，AUV的任務就要設計成能進出采集水樣的冰場，或者潛到深處，關掉推進器，并在上浮到水面的過程中在各個高度采樣。
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